Der gescheiterte Puppenspieler Craig Schwartz (JohnCusack) wird vom Publikum ignoriert und muss als Aktensortierer in einem Bürogebäude in Manhattan im Stockwerk 7.5, wo alle gebückt gehen müssen, arbeiten, um sich über Wasser zu halten. Seine Frau Lotte (CameronDiaz) ist ein »reizarmes Neutrum«, das allerlei Tiere in seiner Wohnung »betreut«. Seine hübsche Kollegin Maxine (CatherineKeener), der einzige Lichtblick in seinem Leben, ignoriert ihn.

Eines Tages entdeckt Craig, als er einen Ordner beiseite schiebt, ein Türe hinter einem Aktenschrank, die direkt in den Kopf des egozentrischen Schauspielers John Malkovich führt - allerdings nur für 15 jeweils Minuten. Danach wird Craig auf eine Wiese bei der Autobahn-Maut nach New Jersey hinausgeschleudert.

Zusammen mit Maxine wittert Craig das grosse Geld. Sie gründen ein »Reisebüro«, das Kurzurlaube in Malkovichs Hirn vermittelt. Doch Malkovich spürt, dass etwas nicht stimmt und will der Sache auf den Grund gehen. Eines Tages taucht er im »Reisebüro« auf, um selbst den Trip anzutreten, was zum Höhepunkt des Films wird.

»BeingJohnMalkovich« ist originell und ohne Respekt für die dramaturgischen Regeln, nach denen Filme üblicherweise gedreht werden. Der damals 30-jährige amerikanische Regisseur Spike Jonze schuf einen Film über das Streben nach Berühmtheit, Manipulation und den freien Willen - alles bereits zu Beginn durch Puppen an Fäden angedeutet. Den Wunsch, sich im Gegenüber zu erkennen und die Frage nach der Identität wird nicht nur durch Malkovich, sondern auch durch den Einsatz von Spiegeln evoziert. Auch die Rolle der Geschlechter spricht Jonze an. Nicht zu kurz kommen die Selbstironie und die Infragestellung von Rollenklischees.

Die 15 Minuten in Malkovichs Kopf sind eine Anspielung auf Warhols berühmte »fifteen minutes of fame«, die jedem Menschen im Medienzeitalter zustehen, vielleicht zugleich auch die Viertelstunde, die der Koitus durchschnittlich dauern soll. Die Besuche im Körper von Malkovich sind nicht ohne Folgen für die beteiligten Personen. Die Komödie mit Tiefgang entwickelt sich zu einem ernsten Drama, das auch die Vergänglichkeit und ewiges Lebens behandelt.