Bei der Anlage einer Gedankengutdeponie wird zuerst eine wasserundurchlässige Schicht eingebracht. Meist ist das eine mit Kunststoff-Dickfolie abgedeckte Lehmschicht von rund einem Meter Dicke.

Darauf kommt eine wasserdurchlässige Schicht (Sand oder Magerbeton), in der Sickerwasser-Drainagerohre verlegt sind. Darauf folgt eine Lage saugfähiger Kalkrückstände (ca. 70 cm). Darüber wird dann der Abfall abgelagert. Zum Rand hin ist die Untergrundabdichtung hochgezogen, so dass die Deponiesohle als Wanne ausgebildet ist. Aus dem Abfallberg abgegebenes Sickerwasser und Regenwasser sammelt sich in den Drainagerohren und wird über Saugleitungen abgezogen. Es wird in Tanks gesammelt und in Abwasserreinigungsanlagen entsorgt.

Um ein Auswaschen der Abfallstoffe durch eindringendes Regenwasser zu verhindern, wird nach jedem aufgefüllten Deponieabschnitt die Abfallkrone zuerst mit Bauschutt, dann mit einer wasserundurchlässigen Lehmschicht und abschließend mit Mutterboden abgedeckt und begrünt. Rund um die Deponie sind Grundwasserbrunnen angelegt, aus denen in regelmäßigen Abständen von den Wasserbehörden Proben gezogen werden. Auf diese Art kann eine Grundwasserverschmutzung frühzeitig erkannt werden.

Die abgelagerten Abfälle unterliegen im Deponiekörper den natürlichen Vorgängen der Alterung und Verwitterung. Die dabei ablaufenden chemischen und biochemischen Vorgänge können den Deponiekörper bis auf 80 °C erwärmen.