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Die Vagina ist ein dehnbarer, muskulärer Schlauch, der beim Menschen 8 bis 10 cm lang ist. Bei ursprünglichen Säugetieren wie den Kloakentieren (Monotremata) und den Beutelsäugern (Metatheria) ist die Vagina paarig, da der Endabschnitt des paarigen Müller-Gangs, aus dem beim Embryo die Vagina entsteht, bei ihnen nicht verschmilzt. Bei den Kloakentieren endet sie zudem gemeinsam mit dem Enddarm in einer gemeinsamen Körperöffnung, der Kloake.
Gebärmutterseitig ragt die Portio vaginalis des Gebärmutterhalses zapfenartig in die Vagina vor. Dadurch entsteht ein größeres, hinteres (dorsales) und ein vorderes (ventrales) Scheidengewölbe (Fornix vaginae). Bei einigen Säugetieren, wie etwa den Schweinen, ist keine Portio und damit auch kein Scheidengewölbe ausgebildet. Der Zugang zum Gebärmutterhals ist beim Menschen nach vorn abgeknickt. Bei Abtreibungsversuchen von Laien, die der Verlaufsrichtung der Scheide folgen, gelangen entsprechende Instrumente deshalb in das hintere Scheidengewölbe und durchstoßen dessen Dach. Dabei kann der Bauchfellsack eröffnet werden und eine Peritonitis entstehen. Mit der Scheidenöffnung (Ostium vaginae) mündet die Vagina in den Scheidenvorhof (Vestibulum vaginae).
Die Hinterwand (Dorsalwand) der Vagina ist durch Bindegewebe (Septum rectovaginale) mit dem Rektum, die gegenüberliegende Wand mit Harnblase und Harnröhre verbunden.
Die Vagina wird von einer kleinen Membran, dem Jungfernhäutchen (Hymen), teilweise verschlossen. Es befindet sich am Übergang der Scheide in den Scheidenvorhof. Auch bei intaktem Hymen ist normalerweise eine Öffnung zum Abfluss des Menstruationsblutes und anderer Sekrete vorhanden.
Die drüsenlose Haut der Vagina ist ein mehrschichtiges, unverhorntes Plattenepithel, dessen Höhe und Aufbau vom Alter und vom Hormonstatus abhängig ist. Das Epithel unterliegt im Verlauf des Sexualzyklus ständigen Umbauprozessen, die durch Östrogene und Progesteron gesteuert werden. Zur Untersuchung werden Epithelzellen durch einen schmerzlosen Abstrich gewonnen und auf einem Objektträger mikroskopiert. Damit gibt die Vaginalzytologie Auskunft über die aktuelle Zyklusphase der Frau. Heute wird die Zyklusphasenbestimmung allerdings durch Hormonuntersuchungen erweitert, um ausreichende Diagnosesicherheit zu bieten.
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