Obwohl bei defektiven Impfviren eine Unterscheidung von geimpften und infizierten Säugern aufgrund der fehlenden Epitope beim Impfvirus, analog zu den Subunit-Vakzinen, grundsätzlich möglich ist, ist es möglich, Markergene ins virale Genom einzubauen. Deshalb werden eine ganze Reihe unterschiedlicher defektiver Viren, die sich als Virus autonom nicht vermehren können, hergestellt und in Zellkultur charakterisiert. Die Klssifizierung nennt sich Viralautonomie.