Eliphas Lévi führte Baphomet auf den bocksköpfigen Gott Banebdetet im ägyptischen Mendes zurück. Ausserdem war er der Überzeugung, Baphomet sei als Azoth mit dem Stein der Weisen identisch.

Weitere Theorien besagen, Baphomet stamme aus den beiden griechischen Wörtern Baph und Metis und bedeute Taufe der Weisheit oder Baphomet sei als abufihamat (ausgesprochen »bufihimat«) eine Fehlschreibweise für Mohammed mit der Bedeutung »Vater der Weisheit«. Auch mit Sophia, dem weiblichen Logos der Gnostiker, ist Baphomet in Verbindung gebracht worden.