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Die Zellwände der Töpfchenpilze enthalten Chitin, manchmal auch noch Zellulose. Ihr Thallus, der undifferenzierte und bei parasitischen Arten tief im Wirt verankerte Pilzkörper, enthält einen bis viele Zellkerne, die nicht durch echte Zellwände (Septen) voneinander getrennt im Zellplasma liegen. Eine Ausnahme bilden hier nur die Sporangien genannten sporenbildenden Strukturen, die durch eine spezielle Zellwand vom Rest des Thallus abgekapselt sind. So wird verhindert, dass beim Entleeren der Sporen aus dem Sporangium der Rest des Thallus ausläuft. Daneben existieren gelegentlich so genannte Pseudosepten, die sich von echten Septen in den Details ihrer Struktur unterscheiden und die Zellräume der einzelnen Kerne nur unvollständig voneinander abtrennen.
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