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Es wird unterschieden zwischen äußerer Befruchtung, bei der die Geschlechtszellen außerhalb des Körpers verschmelzen (etwa bei den meisten Fischen, siehe Laich) und innerer Befruchtung, die im Körper des Weibchens erfolgt. Dies ist etwa der Fall bei allen Landwirbeltieren einschließlich des Menschen, aber auch etwa bei Haien, Insekten und Spinnentieren. Bei der inneren Befruchtung ist es vor der eigentlichen Befruchtung notwendig, dass die Geschlechtszellen in den Körper hineingelangen. Bei manchen Lebewesen geschieht das, ohne dass sich ein väterlicher Organismus aktiv beteiligt, bei anderen werden die Geschlechtszellen durch einen solchen in den weiblichen Körper eingebracht. Das Einbringen von Geschlechtszellen in einen Körper (zur späteren Befruchtung) nennt man je nach Fall Insemination, Begattung, Geschlechtsakt oder Auskeimen des Pollens.
Bestandteil der Befruchtung und Voraussetzung für die Rekombination des Erbgutes ist die Amphimixis. Darunter wird die Verschmelzung der beiden gegengeschlechtlichen Zellkerne zum Kern der Zygote verstanden.
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