Wie Apotheker bezahlt werden, ist gesetzlich festgelegt, vor allem in der Arzneimittelpreisverordnung. Grundsätzlich gilt: Die Apotheke behält drei Prozent des Einkaufspreises eines Medikaments als Umsatz. Hinzu kommt eine Pauschale von 8,35 Euro pro rezeptpflichtige Verpackung. Wird die Arznei während eines Nacht- oder Notdienstes verkauft, gibt es einen Aufschlag von 16 Cent pro Verpackung. Allerdings müssen die Apotheken den Gesetzlichen Krankenkassen auch einen Rabatt gewähren. Derzeit sind es 1,77 Euro pro Packung.

80 bis 85 Prozent des Umsatzes macht eine Apotheke mit verschreibungspflichtigen Arzneien, den kleineren Teil erwirtschaftet sie mit rezeptfreien Produkten. Die verschreibungspflichtigen Medikamente bringen eine höhere Marge als die nicht verschreibungspflichtigen.

Der Gesundheitsökonom Gerd Glaeske hat ermittelt, dass im Schnitt sieben Euro pro verkaufte Packung eines verschreibungspflichtigen Medikaments hängenbleiben. Davon müssen alle Betriebskosten bezahlt werden.

Etwas mehr Spielraum für die Preisgestaltung haben die Apotheker bei den frei verkäuflichen Arzneimitteln und bei Produkten aus dem Randsortiment wie Kosmetika. Daneben dürfen sie im Einkauf Rabatte mit Pharmaherstellern und Krankenkassen aushandeln. Solche Rabatte gelten in der Regel, wenn die Apotheken Medikamente von bestimmten Herstellern in größeren Mengen an die Kunden einzelner Krankenkassen ausgeben.