Ursprünglich war das Nintendo 64 nur in Schwarz erhältlich, später folgten verschiedene farbige Gehäusevarianten (blau, grün, lila, orange und rot), meist halbtransparent.

Die Ausführung entsprach aber jeweils dem Grundgerät.
Diese Varianten waren nur in speziellen Angeboten zusammen mit einem beworbenen Spiel erhältlich. Außer der Grundkonsole wurde auch oft der Handcontroller farblich modifiziert.
Es gab auch eine Version mit dem Spiel GoldenEye 007.

2000 folgte eine neue Gehäusevariante im blau-orangen Pokémon-Design mit einer erhabenen Pikachu-Figur auf der rechten Oberseite sowie einem Pokéball als Ein-/Ausschalter.
Der rechte Fuß Pikachus dient als Reset-Taste.
Dazu gab es einen entsprechend gefärbten Controller mit dem Schriftzug Pokémon.
Dies ist nicht zu verwechseln mit der Pokémon-Edition von 2001, welche nur ein normales Grundgerät mit einem Pokémon-Aufkleber an der linken Seite darstellte.

Des Weiteren gab es in Japan und den USA auch eine goldene Konsole.
In Europa musste man sich mit einem goldenen Controller begnügen.