Henry Dorsett Case ist ein Low-Level-Hustler in der dystopischen Unterwelt von Chiba City, Japan. Als talentierter Computerhacker wurde Case beim Diebstahl seines Arbeitgebers erwischt. Als Strafe für seinen Diebstahl wurde das Zentralnervensystem von Case durch ein Mykotoxin geschädigt, sodass er nicht mehr über seine Gehirn-Computer-Schnittstelle auf das globale Computernetzwerk im Cyberspace zugreifen konnte. Case ist arbeitslos, drogenabhängig und selbstmörderisch und sucht verzweifelt in den »schwarzen Kliniken« von Chiba nach einem Wundermittel. Der Fall wird von Molly Millions gerettet, einer erweiterten »Straßensamurai« und Söldnerin eines schattenhaften Ex-Militäroffiziers namens Armitage, der anbietet, Case im Austausch für seine Dienste als Hacker zu heilen. Case nutzt die Chance, seinen Job als »Konsolen-Cowboy« wiederzuerlangen, aber weder Case noch Molly wissen, was Armitage wirklich plant. Das Nervensystem von Case wird mithilfe einer neuen Technologie repariert, die Armitage der Klinik als Bezahlung anbietet. Unbekannt für Case bezahlt Armitage die Klinik, um Mykotoxindepots in seine Blutgefäße zu implantieren - dasselbe Gift, das Case ursprünglich verkrüppelt hat. Armitage verspricht Case, dass die Depots entfernt werden, wenn er seine Arbeit rechtzeitig beendet, sonst platzen sie. Armitage veranlasst außerdem, die Bauchspeicheldrüse von Case zu ersetzen und seine Leber durch Gewebetransplantate zu modifizieren, sodass Case nicht in der Lage ist, Kokain oder Amphetamine zu metabolisieren und seine Drogenabhängigkeit zu beenden.