Die Unterkirche (Krypta). Unter dem Mittelquadrat der Vierung liegt sie und zwar so, daß der Boden der Oberkirche stark erhöht wird, und diese Erhöhung bezeichnete zugleich den Beginn des Mönchchores. Neun Kreuzgewölbe, auf Pfeilern, an der West- und Ostwand auf Halbsäulen, gegen Süden und Norden auf Vierblattsäulen ruhend, decken den gegen Osten mit einer tonnengewölbten rechteckigen Kapelle schließenden Raum, der nur durch die Treppenanlagen an der Nord- und Südseite sein spärliches Licht empfängt. Es gehen nämlich von den beiden Querschiffflügeln, ihrer ganzen Breite nach, Treppen hinab und merkwürdige, kurze Strebebogen, im Südflügel zu Löwen ausgebildet, stützen die Wand über den Vierblattsäulen. Die Krypta ist jetzt um fast einen Meter aufgefüllt. Nachgrabungen zeigten an den Halbsäulen dieselben Füßchen, wie die der Vorhalle, nur waren die Eckknollen entwickelter, jonischen Schnecken nicht unähnlich. Die Knäufe der Halbsäulen haben die Würfelform mit phantastischen Thieren und Pflanzen; die Vierblattsäulen gewulstete Kämpfer. – An die Ellwanger Kryptenanlage erinnert die in der Stiftskirche zu Oberstenfeld, auch sie beginnt weit vornen in der Kirche, schon in der Mitte derselben, staffelt sich gleichfalls hoch auf und hat ihre Zugänge aus den Seitenschiffen; ihr ältester (vorderer) Theil soll aus dem Jahr 1016 stammen. – Die Krypta wurde im Herbst 1875 in provisorischer Weise dekorativ ausgemalt von Maler Stubenvoll in Ellwangen nach einer Aquarellskizze von Fr. X. Kolb. Die Gemälde in dem Bogenfelde des Arcosolium, unter welchem der Metallaltar von J. Götz in Regensburg steht, sind von Kolb und stellen die 14 Nebenpatrone der Kirche dar, deren Reliquien in dem Altar der Krypta ruhen.