Die Huldigung Böhmens nahm M. in Prag am 20. September 1562 entgegen; von dort ging er nach Frankfurt, wo ihn am 28. November die Kurfürsten zum römischen König wählten; am 30. November geschah die Krönung in herkömmlicher Weise; M. hatte sogar geschworen die Kirche als Kaiser beschützen zu wollen; er zeigte schon im December 1562 dem Papst seine Wahl an. Dieselbe zu bestätigen war Pius IV. bereit, wenn M. das Gelübde des Gehorsams ablegen wollte. M. wollte dabei nicht über den Rahmen des Herkommens hinausgehen; es gab noch eine Verhandlung über die anzuwendende Formel: schließlich erfolgte durch den Bevollmächtigten des römischen Königs im Cardinalsconsistorium zu Rom am 7. Februar 1564 die förmliche Huldigung vor dem Papst. Mittlerweile war M. auch in Preßburg am 8. September 1563 zum Könige von Ungarn gekrönt worden. M. hatte sowol bei dem Frankfurter als bei dem Preßburger Krönungsakte sich des Abendmahlgenusses enthalten, gestützt auf eine vom Papst ihm gewordene Erlaubniß. Es war also in denjenigen Ländern, in welchen Ferdinand seine Erbfolge zugelassen, der Antritt der Regierung M. gesichert, während er an seine Brüder Ferdinand und Karl, an jenen Tirol, an diesen Steiermark, Kärnthen und Krain nach der testamentarischen Verfügung des Vaters abzugeben hatte. Man darf vielleicht sagen, daß im letzten Lebensjahre des Vaters M. auf die Politik des Kaiserthums einigen Einfluß ausgeübt: er betrieb und förderte eifrig alle Schritte der Regierung, welche, sei es auf dem Tridentiner Concil, sei es neben dem Concile her, eine Reformation der katholischen Kirche erstrebten: Gewährung des Laienkelches, der Priesterehe, disciplinarische Reform des Klerus; seine Annäherung an die Protestanten hoffte man so vorzubereiten. Und man gewann einige Aussicht, daß der Papst dem Kaiser Concessionen für Deutschland bewilligen werde. Nach Ferdinands Tod (25. Juli 1564) begann M. seine eigene Regierung. Große Erwartungen hegte man in Deutschland von dem neuen Kaiser.