Die Argumentation des »neue Atheismus« hatte im Wesentlichen zwei Linien:
1. Es gibt keine Evidenz für die Existenz Gottes
2. In den meisten Fällen, in denen es keine Evidenzen gibt, wie den Weihnachtsmann, das Loch-Ness-Monster, UFOs etc. genügt dies uns, um die Existenz abzulehnen. Wer behauptet, muss beweisen!
3. Es gibt keinen Grund, warum die Annahme der Existenz Gottes gegenüber solchen Entitäten wie den Weihnachtsmann etc. privilegiert sein sollten.
Ergo folgt der Atheismus.

Der Gläubige kann hier auf zwei Wegen entgegnen. Erstens kann er verweisen, dass die Annahme von Gott doch etwas völlig anderes ist als z. B. ein Loch-Ness-Monster. Gott wird gedacht als das »vollkommene Sein« oder das, über das schlicht nichts gesagt werden kann. Gott hat sozusagen eine metaphysische Sonderstellung und ist nicht nur ein weiteres Seiendes, wie z. B. eine Teekanne.
Zweitens kann der Gläubige (2) in Frage stellen. Ja, wir gehen im Alltag davon aus, dass etwas nicht existiert, aber das ist mehr Pragmatik. Es könnte sein, dass es z. B. UFOs gibt, auch wenn es zufällig keine Beweise dafür gibt.
Wir können nicht einfach voraussetzen, dass unsere Konvention richtig ist. Zudem diese Konvention explizit eine Ausnahme für religiöse Entitäten einräumt.

Zweite Linie:
1. Früher haben die Menschen Religion als Erklärung für Phänomene gebraucht, z.B. warum Menschen krank werden. Heute haben wir die Naturwissenschaften, die das genauso gut erkläre.
2. Aufgrund von (1) ist Glaube also schon mal überflüssig.
3. Der Glaube fordert Menschen zu irrationalen und boshaften Handlungen auf.
4. Da der Glaube sowohl überflüssig (2) als auch sozialschädlich (3) ist, sollte er beseitigt werden.

Das ist die politische Linie und sie übersieht natürlich, dass Religion auch sowas wie Trost spendet und zu guten Taten motiviert. Es ist nicht klar, dass der Einfluss insgesamt mehr schlecht als gut ist.
Ein weiteres Problem ist, dass für viele Gläubige Gott, bzw. sein Wirken, nicht die Aufgabe einer Hypothese erfüllt. Er ist eine metaphysische Annahme über das Sein, eine Lebensefahrung, was auch immer, aber nicht in direkter Konkurrenz zu den Naturwissenschaften. Das war auch im Altertum nicht selbstverständlich der Fall! Damals gab es schlicht sowas wie Naturwissenschaften nicht und man muss daher sehr aufpassen, dieses Bild zurückzuprojezieren.