Ende 1559 begann Ferdinand, gestützt auf Philipps von Spanien Hülfe und Beistand, erschreckt auch durch die Gefahr, daß der jüngere Bruder Erzherzog Karl dem Vorgang des älteren folgen zu wollen Miene machte, dem Erzherzog kräftig zuzusetzen; er stellte ihm die Alternative: wenn M. Protestant würde, bedrohte er ihn mit Verlust des Erbes; wenn er zur katholischen Kirche sich halten würde, eröffnete er ihm die Aussicht auf die Kaiserkrone und vielleicht sogar auf die Erbschaft Spaniens. Anfangs sträubte sich M. noch vor der ihm gemachten Zumuthung; dann aber wich er Schritt für Schritt zurück. Im März 1560 wurde Pfauser vertrieben; M. hielt ihn nicht mehr; er fürchtete für sich selbst und sondirte die hervorragendsten protestantischen Fürsten, ob sie ihm Schutz gegen den Vater bieten wollten. M. empfing von ihnen schöne Mahnworte, aber keine Zusage, auf die er sich verlassen konnte. Da ließ er die katholischen Theologen, die der Vater und der Papst und König Philipp dazu bestimmt hatten, ihre Kraft an der Bekehrung seiner Seele versuchen. Er wechselte nicht seine innere Ueberzeugung; im Herzen blieb er protestantisch gesinnt, aber äußerlich schloß er sich der protestantischen Confession nicht an, sondern verharrte bei der katholischen Kirche; er gab seiner eigenen von dem Katholicismus abgekehrten Sinnesrichtung keine äußeren Folgen; ja er betonte mehr wie einmal öffentlich seine Zugehörigkeit zur katholischen Kirche. Es war für die alte Kirche ein Sieg von weitreichenden Folgen, daß der Abfall Maximilians, der 1555 ganz ernstlich gedroht, schließlich verhindert worden war.